Подскажите, плз, кто знает, механизм ввоза в Россию бонсай из-за рубежа.
Существует ли какая-либо сертификация, пошлина на ввоз, и вообще, какие
могут возникнуть проблемы на таможне. Спасибо.

Требуется уточнение - речь идет о коммерческом (оптовом) ввозе или единичных случаях?

Скажем, о не больших партиях-5-10шт за раз.

В настоящий момент ужесточены требования по ввозу в Россию продукции животного и растительного происхождения.
Если будете ввозить официально, то обязательно нужен карантинный сертификат. Если повезете нелегально, то могут быть проблемы на таможне. В лучшем случае растения просто конфискуют. В худшем, могут завести дело об административном правонарушении (но это маловероятно).
А в принципе, со всеми можно договориться
Сам ввозил несколько деревьев из Китая прошлой осенью - без проблем.

Официальный подход можете посмотреть здесь:
Порядок провоза образцов фауны и флоры
http://www.travel-russia.ru/ru/help/pamjatka_turistu/490/
Но сам имею опыт провоза для личного пользования только, Ваш, думаю, не тот случай.

Ок, большое спасибо, Александр.