Игорь, к чему такие крайности - либо "глубокий" спутанный ком толстых корней, либо - огромная корневая "лепешка" ? А Вы, при этом - просто посторонний зритель происходящего ?

А если постараться сделать нечто в промежутке? Ведь растит народ рощи - и довольно успешно.
Корневая система - тоже формируется, точно также, как и надземная часть растения. Для большинства хвойных растений поднимаемая Вами проблема, на мой взгляд, не совсем актуальна. А лиственные породы выдерживают, практически, любое разумное усекновение корневой системы.
Способы уменьшения и "уплощения" корневой системы описываются в любой книге о бонсай. Кроме того, есть специальные методики сращивания оснований 2-3-4-5 отдельных черенков (и их корневой системы, соответственно) для получения заготовок для будующей рощи.
Удачи!